Orgel, Fürstenloge und Professorengestühl
Im Westen wird der Kirchenraum von der Fürstenloge und der Orgel abgeschlossen. Diese beiden Elemente stellen als großes Ensemble den Abschluss der barocken Umgestaltung der Kirche dar.
Im Jahr 1748 veranlasste Herzog Christian Ludwig II. von Mecklenburg als Patron von St. Marien die Errichtung eines Kirchenstuhls für sich und seine Begleitung. Dieser heute als „Fürstenloge“ bezeichnete Balkon wurde 1751 fertiggestellt. Die Gestaltung basiert auf Entwürfen des französischen Architekten Jean-Laurent Le Geay. 1765 wurde mit dem Abbau der darüber befindlichen alten Orgel begonnen.
Von 1766 bis 1770 errichtete der Rostocker Orgelbauer Paul Schmidt unter Mithilfe von Bildhauern und Tischlern eine für damalige Verhältnisse sehr große Orgel. Über der Orgel wurde als bildliche Fortsetzung ein Himmel mit musizierenden Engeln gemalt.
Von Schmidts Instrument ist heute nur mehr die Fassade erhalten, da aufgrund technischer Mängel das Innere von 1789 bis 1793 durch den Berliner Orgelbauer Ernst Marx weitgehend umgebaut wurde. Nach einer beträchtlichen „Metall-Spende“ aus Orgelpfeifen im Kriegsjahr 1917 konnte die Orgel erst 1938 von der Firma Sauer (Frankfurt/Oder) wieder hergestellt und in den heutigen Zustand versetzt werden. Sie besitzt 5.700 Pfeifen in 83 Registern auf vier Manualen und Pedal.
Unter der Fürstenloge befindet sich ein gegen Ende des 18. Jahrhunderts errichtetes Gestühl für Professoren, Bürgermeister und weitere Funktionsträger.